1、 育苗温室
育苗温室一般为大型连栋温室，温室育出幼苗主要用于基地内部温室栽培。目前工厂化育苗温室虽然有了很大的进步，但在育苗规程和技术上仍然不科学，培育出的蔬菜秧苗多为弱苗，抗性、适应性较差。温室栽培育苗中存在的问题主要表现在3个方面：
一、是营养土或基质中掺加化学肥料多，基质土壤溶液浓度高，种子播种后容易发生烧种、烧苗，出苗慢，出土时间参差不齐，苗相整齐度差，缺苗现象严重。
二、是苗床浇水仍然采用在基质表面喷水或漫水灌溉，不但用水量多，引起肥料流失，浪费肥水，而且还会积压排除土壤中的空气，造成土壤板结、缺氧，影响根系发育、降低根系活性和吸收合成能力、传染病害如猝倒病、立枯病、瓜类枯萎病等。
三、是单株秧苗营养面积小，苗龄时间长，培育的秧苗多为高腿、细茎的弱苗。
下面是针对不同品种的问题分析：
辣椒育苗 育苗过程中，部分种苗表现为细弱苗或低矮苗。主要原因是：苗床期间炼苗工作没跟上造成细弱苗;苗棚温度低，出苗后生长缓慢或苗龄不够造成低矮苗，叶间距短缩只有2-3cm。种苗质量低，无法保证定植后正常生长实现高产。
瓜类育苗 早春要育成植株高度适当、叶色正常或浓绿、茎部粗壮、节间短、根系发达、无病虫害、对外界适应性强的优良壮苗，给瓜类蔬菜早熟生产提供条件。
瓜类育苗出现“僵苗”现象，传统上是这样进行判断的：1、子叶长时间不能展平;叶片小而向内卷曲，颜色深且暗淡无光;下胚轴及茎基部节间短;根系不发达且有锈色;生长迟缓。由于苗床温度低而引起。应提高温度。2、叶片黄而小，生长缓慢。如床温正常，则是由于缺肥引起。3、叶片小，色暗绿，生长慢。若床温正常，则是缺水引起。4、子叶小而厚，颜色暗而绿，下胚轴短而粗，胚栓处呈蒜头状，这是受肥害或药害的表现。可适当多浇水，稀释肥药。5、子叶上翘，叶片小，色黄，有的边沿干枯，重者整叶枯死。这是高温烤苗的表现。
总之，根据作物育苗阶段的对生长环境的需求，调节苗床内温、湿、光、气、水等环境因子，防止湿度过高，通风不良和幼苗徒长，生长瘦弱，创造适合幼苗生长而不利于病害发病的条件，培育出长势一致的幼苗，实现种苗标准化生产。
蔬菜种苗良种化、育苗工厂化、供苗商品化、种苗标准化是当今世界育苗的发展方向。
2 、温室种植管理问题
2.1 瓜类
温室甜瓜栽培中,光照越少,果实就越小;果实的形状从椭圆形变成球形或扁圆形,网纹变粗,网纹的数量也减少,果实的商品性显著降低。试验研究表明,从甜瓜定植到采收,当日光照射总量降到400 MJ/m2以下时,单果重和叶片的干物质重量均减少,果实的外观变差为了生产高品质的甜瓜,下限日照总量(从定植到采收)需要在350 MJ/m2以上。南北走向的连栋温室,由于冬季光照不足,难以进行高品质甜瓜的生产，需要适时的进行补光。
2.2 茄果类
番茄裂果在设施温室中十分常见,属于生理性病害其发生后不但直接影响产品的外观和价格,而且裂纹部分可能感染早疫病、晚疫病,或被细菌侵染而腐烂,失去商品价值。
裂果发生条件：从幼苗花芽分化开始,如果连续1周出现夜间气温在8℃以下,白天气温20℃以下, 果就会出现畸形;环境条件不适，主要是高温、强光照射、干旱、外界天气的剧烈变化,特别是久旱后突然灌水过多,使果实内果肉迅速膨大,糖分浓度增高,因而渗透压增高,迅速胀大的果肉与老化的果皮膨胀不相适应,而使撑破果皮形成裂果。
传统上，一般以新叶、老叶颜色的变化来判断是否应该浇水：如心叶为浅色,老叶深色,说明水分合适;如心叶、外叶都浅绿,表示水分过大,易徒长;当心叶、老叶都呈深绿色或心叶变黑时,表明已缺水,应马上浇水,以保持心叶色浅,老叶色深的状况
辣椒生产中，农户仍采用传统的大水漫灌方式，致使土壤水分大通透能力差，根系活力减弱，更容易造成室内空气湿度大，易诱发根系和各种病害发生。
2.3桃
温室桃树通过休眠后，一般要经过40天升温的时间，才能有效地使其开花结果。湿度大，棚温过高，桃树出现倒序现象。叶与花竞争营养，不利于座果。
温室桃树花期，如果温室内湿度高、温差大、光照强度小，容易发生和蔓延灰霉病，落花落果现象严重。桃树花期温室建议环境为空气相对湿度50%～60%，土壤相对湿度60%～70%。因此，建议采用滴灌或穴灌，防止大水漫灌。
另外，温室桃的果实相对于露地生产，品质相对低下，主要表现为含糖量降低,维生素C含量和单果重降低,风味淡等。其主要原因是:温室光合有效辐射降低50%左右,光合作用减弱;温室CO2浓度中午前后较低;温室果树的营养生长过旺,造成营养生长和果实生长强烈的养分竞争;养分失衡。
2.4 甘蓝类
冬春温度低，栽培甘蓝容易先期抽苔，因此要严格控制温度、苗龄。甘蓝幼苗定植以后，温度低，一般不用追肥浇水，翌年春季，气温回升以后，开始追肥浇水，一般小水，不可大水漫灌，大水漫灌就容易出现水分过多的情况，并降低了土壤温度，防止冬暖春寒，大苗易春化抽苔。
